1.费用不同：在上海市场交易完成时需要支付转让费，转让费一般支付一元，在深圳市场不需要；
2.股东代码不同：开户时，投资者会分别在深圳和上海市场开通交易权限，但这两个市场需要两个股东代码，一个在上海，一个在深圳，股东代码由中国证券登记结算公司发放，投资者日常交易后的结算工作也由中登公司结算。
3.股票代码不同。
上交所股票代码以60开头，全部属于主板。主板上市的股票也意味着市值的大公司。688开头属于科创板股票，都是科技创新企业。
深交所股票分为两类：000、001、002、003开头的是深圳主板股票；300开头的都是创业板股票，深圳股市中小企业比较多。
股票前面带sh的代码表示该股票属于上海证券交易所上市股票；代码前的sz表示该股票在深圳证券交易所上市。上海证券交易所和深圳证券交易所属于内地两大证券交易所。上海证券交易所成立于1990年11月26日，12月19日正式开业。深圳证券交易所成立于1990年12月1日。上交所和深交所，作为证券交易所的主要功能包括为证券的交易提供场所和设施制定业务规则；审核上市申请；安排证券上市、组织监督证券交易等。
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